ずいぶん前に tinymce の forum に投稿していたのですが、tinymce と ie の組み合わせで日本語入力がおかしいことがなかったでしょうか。
テキストエリアを全部選択し、del を 二回押して、日本語入力するのですが、日本語入力する時に Enter で確定せずにどんどん入力していくと意図しない改行が入ったりしていました。(パス： になっていたので、タグが空になっているのでしょうか。)
困ったなと思いつつも <p></p> を入れたりして回避したりしていたのですが、最近、修正方法が登録されていました。
http://www.tinymce.com/develop/bugtracker_view.php?id=5545
tinymce を 3.5.8 にして、tiny_mce_src.js の 15787 行に } があると思いますが、
その次の行に
if (node.nodeName == “BODY”) return;
を挿入します。
で、これを tiny_mce.js に上書きすると、直るようです。
(tiny_mce.js は本来圧縮するんですかね。)
本質的な修正でないような気もしますが。