さくらの SSL、RAPID SSL は年額1500円でかなりお得なような。
ただ、サービスを見ても VPS で使えるのかどうかハッキリしません。
CSR を作って申し込めば、サーバ証明書は発行されました。
https://www.geotrust.co.jp/support/ssl/csr/apache_openssl_new.html
に書かれているように、csr を作成。(コモンネームを間違えないように)
申し込み画面で csr を貼り付けて申し込めばOK。
申し込むと、「SSLサーバ証明書 認証ファイルのアップロードについて」というメールが来るので、認証ファイルをアップロードします。
認証ファイルをアップロードすると、証明書が発行されるので、証明書をサーバにインストールします。
(10分周期でチェックしているようでした)